通过癌症基因组分析检测体细胞变异类型

癌症基因组的全基因组测序对检测恶性肿瘤中存在的体细胞突变的主要类型具有巨大的潜力。出国看病机构爱诺美康了解到，这些大量的基因组异常包括单核苷酸改变、小的插人和缺失、染色体大片段的重排和拷贝数变异。

COLO-829中体细胞突变的分类

COLO-829中体细胞突变的分类，外而的圆代表染色体区带，从染色体短臂末端到长臂末端按顺时针方向排列，着丝点用红色标记。出国看病机构爱诺美康了解到，其他通道代表体细胞的改变（从外到内）：已证实的插人（浅绿色方框）；已证实的缺失（深绿色方框）；每10M碱基对中的杂合性（浅橙色柱状图）和纯合性（深橙色柱状图）置换。

编码区的置换（有颜色的正方形：灰色是沉默突变，紫色是错义突变，红色是无义突变，黑色是剪接位点）；拷贝数（蓝色线条）；杂合注丢失（LOH)区域（红色线条）；已证实的染色体内重排（绿色线条）；已证实的染色体间重排（紫色线条）。

尽管在不同的肿瘤类型中突变频率有很大的差异，核苷酸置换仍然是恶性肿瘤中更常见的体细胞突变。人类恶性肿瘤中平均每百万个碱基就有一个核苷酸置换。但黑色素瘤中的突变率高出10倍以上，那些由于DNA错配修复缺陷引起的具有突变表型的黑色素瘤，每百万个核苷酸可累积几十个突变。

相比之下，血液系统起源的肿瘤每百万个碱基的置换率则低于一个。已经开发了一些生物信息学工具和技术，通过比较同一患者的肿瘤样本及对应正常组织的基因组信息，高效地检测肿瘤组织中的体细胞核苷酸置换。同样，也有大量公开的计算方法用于预测这些癌症样本中鉴定出突变的功能。

这些生物信息学工具大部分仅处理蛋白编码区的核苷酸改变，评估这些氨基酸置换对于特定蛋白质结构或功能的潜在影响，因此忽略了基因组其他区域中的改变，而这些改变在癌症中其实同样至关重要。出国看病机构爱诺美康介绍，在目前的情况下，使用的任何一种计算机方法在这方面都远没有达到更佳效果，仍然需要通过实验验证癌症基因组中发现的碱基置换功能。