结直肠癌亚型分类和预测癌症结果以及治疗研究

一项结直肠癌中的转录组研究显示，对于结直肠癌亚型分类和预测癌症结果以及治疗中获益。出国治病机构爱诺美康了解到，使用微阵列平台、蛋白质编码的结直肠癌中的转录组分析提供了一个框架。这些特征源自于切除的肿瘤标本、应用有限显微解剖和捕获肿瘤、基质细胞和免疫成分。

出国治病机构爱诺美康介绍，基于肿瘤基因的无监督聚类表达数据，CRC的几种分类方案已提出肿瘤分类包括分层聚类、非负矩阵的分解和元基因簇(中位数基因与相关表达组)。

这些分类方案的不同在于数量和细节，从3~6组，主要是依据MSI和CIN状况、肿瘤的位置、和上皮与间质表达的标记物。

出国治病机构爱诺美康了解到，一项研究将不同类型的分类与前期不同类型的病灶，经典与锯齿状腺瘤联系起来;而另一项研究把分类联系到大肠癌的细胞类型，如干细胞、过境放大细胞、杯状细胞和肠上皮细胞。

近来，两个研究已经证明基质细胞通过增加的间充质标志物的表达对肿瘤巨大的促进作用，而不是肿瘤细胞从起初提出的上皮至间质的转型。出国治病机构爱诺美康介绍，从血液和粪便中提取的mRNA可以作为生物标志物来分析诊断结直肠癌。

一些研究小组已经使用表达微阵列检测CRC患者的血液样本和健康人对照，从而确定一组初始的候选mRNA,并深人进行RT-PCR的检测。其他研究小组已筛查正常和肿瘤组织差异表达的候选基因，从而在后续使用粪便来源结肠细胞或血液中提取mRNA。

多项研究在寻找基因表达在手术切除原发肿瘤后预测肿瘤复发风险方面的显著性。早期的研究往往有适度的样本量，并依靠交叉验证，以评估具有它们的研著性，而对于显著性的评估，后来的研究评估更大的样本量和独立的患者群。

出国治病机构爱诺美康介绍，31个基因的研究表明几乎没有重叠组合基因，当涉及独立的数据库时，只有中等的预后价值。公认的原因是，这些结果的差异在于样品制备技术的差异，芯片加工、队列异质性和基因选择方法的差异。

这些挑战可以通过严格控制实验条件来克服。基于CRC分类，基因的表达也可能具有诊断预后潜力，MSI相关的分类显示出良好的预后，而锯齿/间充质类型则表现出预后不佳。

转录组分析也被尝试用于预测结直肠癌化疗和放疗的反应。也许研究较多的是利用治疗前活组织检查，研究结直肠癌患者术前的放化疗。这些转录组学的研究比那些预后显著性的研究通常涉及较小的样本量(N<100)，并且普遍缺乏外部验证。分类基因没有重叠，且外部数据集中，3个报道的显著性评估发现显著性并不明显。近来的一项系统冋顾的结论是，预测放化疗效果的更佳的基因尚未发现。

少数研究使用转录数据产生的5-FU为基础的化疗方案，使晚期结直肠癌患者获益。

出国治病机构爱诺美康介绍，这些研究的样本量较小而且没有大样本量的验证。虽然在两项研究中表明对于预后较差的组是有益的，在一般情况下，用于预测原发肿瘤术后复发风险的基因还没有被证明可以使以5-FU为基础辅助化疗患者受益。应用转录组学的方法来进行生物治疗是一种新兴的领域。一些结直肠癌的分类方案对于5-FU为基础的化疗或放疗具有预测价值，然而有明显矛盾的结果。例如，Sadanandam等的间充质“干细胞样”分类对FOL量RI方案和放疗是敏感的，而Roepman的间质“C型”级与5-FU的抗性有关。