结直肠癌的甲基化研究

一项结直肠癌的甲基化研究显示，在CpG二核苷酸的胞嘧啶背景下，DNA甲基化是表观遗传调控的核心机制。美国看病机构爱诺美康了解到，结直肠癌的甲基化研究对维持基因的完整性，基因组印记，转录调控和发育过程均有重要的作用。已经开发了多种方法用于DNA甲基化模式的全基因组研究，通常结合DNA分析由微阵列或NGS中三种技术中的一种来将DNA甲基化模式转化到DNA序列信息。

表1结直肠癌中基因表达的分类方案的比较，

美国看病机构爱诺美康介绍，结直肠癌全基因组甲基化分析，强调在结直肠癌中，DNA甲基化已被广泛破坏。肿瘤的典型特征是机体失甲基化(低甲基化），主要是在重复序列，和甲基化(高甲基化)焦点的CpG岛，后者往往发生在相同的兆碱基区域。

CpG岛中高甲基化与肿瘤抑制基因转录沉默有关，而低甲基化的基因能够影响转录延伸，或影响促进子并且导致肿瘤基因的异常转录。结直肠癌机体全身甲基化的缺失，可能导致癌基因组不稳定性和基因重复序列。低甲基化和高甲基化均发生于肿瘤形成的早期。结直肠癌患者平均携带数以千计的甲基化改变，显著地影响细胞转录程序。

美国看病机构爱诺美康介绍，研究已经确定大肠癌的一个子集，它表现出非常普遍的启动子甲基化，称为CpG岛甲基化表型(CIMP)。在结直肠癌患者中，CIMP可达30%,CIMP的程度已被用于分成三个主要的亚组，高CIMP型(C1MP-H)，低CIMP型(CIMP-L)和非CIMP(CIMP-O)型，伴有不同的临床和分子特征。CIMP-H与近端肿瘤位置、女性、BRAFV600E突变、MLH1甲基化和MSI有关；CIMP-L的特征在于近端肿瘤位置和KRAS突变；而CIMP-0与远端肿瘤相关位置、TP53突变和CIN有关。

异常的DNA甲基化是有吸引力的肿瘤标记物，因为在肿瘤中出现频率较高。从大便和/或血液中提取甲基化DNA已经成为一个有前途的早期诊断和监测指标。

在结直肠癌和良性腺瘤中，以高甲基化CpG位点基因芯片为基础的研究，发现了大量的肿瘤特异性候选检测标记物。学术界和行业正在积极推动将这些候选标记物转化成以血或粪便为主的检测方法，这涉及到方法开发，针对正常组织和其他病状的特异性，以及对常规临床试验的绩效评价(FOBT，CEA)。

美国看病机构爱诺美康介绍，近来的一项研究评估循环DNA检测HLTF和HPP1甲基化之外的血清CEA含量，表明组合这三个标志优于单个检测项目。Lange等的一项相关研究提示以血为基础的THBD和C9orf50甲基化检测。两个诊断测试已经引人临床实践中，包括基于血液的PCR检测甲基化的Septin-9(EPIproColon®，ColoVantage®Plasma,实时MS试剂盒)，和以粪便为基础的甲基化波形蛋白(ColoGuard分析，ColoSure分析)测试(表2)。

CIMP与结直肠癌复发风险之间的关系已被广泛地研究，但结果仍是尚无定论。美国看病机构爱诺美康介绍，一些研究表明，在MSS肿瘤而不是MSI肿瘤中CIMP-H作为一个预后不良的因素，而无论其微星的结果，CIMP-L不是预后差的指标。

在晚期结直肠癌患者中，CIMP和生存期缩短有关，其中MSI作用有限。然而，有证据表明CIMP状态可促进BRAF基因突变。通过测定分析，机体全身低甲基化也与不良预后有关，但数据是有限的。一些实验已经研究少数不包括CIMP标记组中甲基化的候选基因与预后相关的证据，但没有全基因组甲基化研究的报道。