​基因组改变作为癌症治疗的预测生物标志物

肿瘤研究中应用更多的遗传学标志物，特别是在血液系统肿瘤中，主要是染色体易位。美国看病机构爱诺美康了解到，根据目前的WHO指南，对于某些疾病，如慢性粒细胞白血病，BCR-ABL的易位，以及在伯基特淋巴瘤中免疫球蛋白基因与MYC的易位检测对于诊断是必需的。

鉴定染色体易位在急性白血病的分型与诊断中很重要（如急性早幼粒细胞白血病中PML-RARA和变异易位的检测），同样在肉瘤的诊断中，如尤因肉瘤也很重要。

美国看病机构爱诺美康了解到，染色体易位的发现，如前列腺癌中TMPRSS-ETS的易位和非小细胞肺癌中ALK的易位，凸显了染色体易位在实体肿瘤中检测的重要性。检测染色体易位经典的方法主要为染色体核型分析，特别是血液系统恶性肿瘤。

这种方法的局限性主要在于检测细胞为有活性的和正在分裂期的细胞，而这种细胞在实体肿瘤的活检中经常无法获得。除此之外，通过传统的染色体核型分析，相当一部分染色体易位无法获取。例如，5%〜10%的CML中，G显带无法检测到t的易位。这些隐匿型易位需要用其他方式检测，下文会讨论，包括荧光原位杂交（fluorescentinsituhybridization，FISH)，聚合酶链反应（polymerasechainreaction,PCR)和单核苷酸测序。

某些情况下，如果细胞是克隆形成的，可能对检测有帮助。例如，在淋巴细胞浸润中，这些细胞分化良好，可能很难去判断淋巴细胞是反应性浸润，还是恶性浸润。

如果细胞被分散开，可以获得细胞，通过流式细胞仪检测是否存在表达免疫球蛋白1^或1链的单克隆种群。理论上，可以通过免疫组化检测轻链上的免疫球蛋白去判断是否源于同一克隆，然而在实际中，应用RNA原位杂交检测轻链上的免疫球蛋白k或λ的转录更敏感。

检测B细胞群克隆性更敏感的方法是利用PCR方法分析由VDJ重排后断点簇区的大小。反应性B细胞会显示VOI重排后IGH、IGK或IGL大小的不同分布，而克隆性细胞只有代表主克隆VDJ区域大小的主带。

同样，有时也难以区分反应性T细胞浸润中的肿瘤细胞。考虑到T细胞有大量抗原受体，在T细胞恶性增殖中，很难通过简单的IHC和流式方法检测克隆性。一种方法是利用T细胞抗原受体的异常缺失帮助诊断T细胞恶性疾病。另一种方法是通过PCR方法检测新鲜或石蜡包埋组织中的T细胞受体γ基因（TCRγ)的VDJ区域的克隆性重排。

基因扩增在肿瘤中是另一种重要的分子机制，目前发现在一部分肿瘤中很有效用。MYCN扩增发生在40%的未分化及分化不良的神经母细胞瘤的亚型中，以双微体或均质染色区形式存在。MYCN扩增强烈提示不良预后，特别是处于局部病变（#或第二期）的患者，或出现四期转移的婴儿，小于50%的患者生存期超过5年6。

染色体其他异常的检测大部分局限于血液系统疾病的诊断及预后判断。近一半的髓系疾病存在细胞遗传学异常，如5号或7号染色体单体、部分染色体缺失（5q-，7q-)或复杂性染色体异常。有些染色体异常是独立发生的（5q-)，这种异常患者有良好预后。

美国看病机构爱诺美康介绍，相反其他大部分细胞学检测异常（有3个及以上的异常复杂核型），预后较差。在儿童急性白血病中染色体倍体差异性被证明是有价值的预测指标，与低倍和近二倍体相比，具有多倍染色体（大于50条染色体）的患者预后明显更好。总体来说，DNA倍性可以通过流式细胞分析检测。特定染色体的拷贝数改变可以通过常规核型分析、阵列杂交法或FISH来检测。