乳腺癌的转录谱，HER2阳性乳腺癌可分为四种亚型

DNA编码的细胞程序通过转录为信使核糖核酸（mRNA)来执行，并翻译为蛋白质。美国治病机构爱诺美康了解到，不奇怪的是，上文所述DNA的改变导致相关的mRNA要么不足，要么过度表达；因此，异常的基因表达模式在乳腺肿瘤是常见的。基因表达谱在过去十年中已经被引入临床文献，研究表明，评估在肿瘤样本中的多个基因的表达，可能反映了DNA改变触发的细胞程序并可能预测肿瘤的行为。所谓的分子表达信号，对于患者个体提高诊断，预测复发，并选择个性化的治疗可能有作用。

美国治病机构爱诺美康了解到，已经开发的一些技术可以生成分子信号，包括cDNA、寡核苷酸阵列和多重聚合酶链反应（PCR)技术。这些技术和新开发的统计方法，可以评价数百甚至数千mRNA，同时基于共表达基因进行样本分组。

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国际癌症基因组联盟（ICGC）癌症工作小组的成员对HER2阳性乳腺癌患者的64组肿瘤和对应的正常样本进行基因组测序，结合该测序结果和另外99个HER2阳性乳腺肿瘤的芯片基因表达分析结果，鉴定出HER2阳性乳腺癌的四种亚型。研究结果发表在《Nature Communication》上。基于这些结果，研究者认为，HER2阳性乳腺癌不一定代表着一种固有的乳腺癌亚型。他们解释道，这些肿瘤的亚型非常多样化，可分为雌激素受体阳性的luminal型乳腺癌或雌激素受体阴性的basal型乳腺癌。该小组进一步推测，由于这些肿瘤的特征很广泛，或可分为更多的乳腺癌临床亚型。

HER2阳性乳腺癌可分为四种亚型

研究人员先研究了法国300名HER2阳性乳腺癌女性患者的冷冻样本，后来重点分析了99个HER2阳性肿瘤，利用Affymetrix芯片进行基因表达分析。他们还在IlluminaHiSeq 2000或HiSeq2500平台上利用双末端测序方法，对来自64个HER2阳性女性患者的肿瘤和对应的正常样本进行全基因组测序。研究人员从基因表达数据中发现了四种HER2阳性肿瘤亚群：两种是雌激素受体阳性的luminalB型肿瘤，另两种是雌激素受体表达未增强的亚群，其中一种亚群包括了所有basal亚型肿瘤。

研究小组进一步分析了体细胞突变、小型插入缺失和拷贝数变异后，在一个ER阳性的luminal型肿瘤组中发现了CCND1过表达和RPS6KB1扩增，但不存在TP53突变。TP53突变在两个ER阴性肿瘤组中更常见。研究人员说，“虽然HER2阳性乳腺癌患者能从HER2靶向治疗中获益，但治疗效果的差异很大，大量患者出现了原发性或继发性抗性。HER2阳性癌症的异质性可以解释这些抗性的程度。”利用全基因组测序数据中的拷贝数线索，研究人员还对HER2阳性肿瘤中ERBB2扩增时受到影响的序列进行了研究。他们发现，在某些肿瘤中，这种产生自断裂-融合-桥突变机制（染色体的双链断裂）的扩增子会通过与姐妹染色单体的融合进行不当的修复。